一般的な企業では会社ごとのコーディング規約があり、ある一定の方式によってコーディングする約束事があります。
通常、ファイル拡張子がＨＴＭＬなどのソースコード中にPHPを記述するときの宣言は、
＜？ＰＨＰ ＰＨＰ記述 ？＞
のように”？＞”で閉じますが、ファイル拡張子がphpの場合、
“？＞”の閉じタグは記述しないことが推奨されています。
というか記述すべきではない。
これは、PHP宣言のタグ末尾に、空白や改行などが含まれていたばあい、そのまま出力されてしまうのを防ぐためです。
“？＞”記述がない場合はPHPのソースコード部のみを実行するので間違いを回避できます。
記述したとしても、それほど大きな不具合はないでしょうが。
ちなみにPHPのコーディング規約といえば[PEARコーディング規約]や[Zend Framework PHP 標準コーディング規約]などが有名です。
PEAR標準コーディング規約
http://www.phppro.jp/phpmanual/pear/standards.html
Zend Framework PHP 標準コーディング規約
http://framework.zend.com/manual/ja/coding-standard.html